Kelahiran HMI dimulai dari kisah seorang mahasiswa yang bernama Lafan Pane. Ia gelisah melihat pergerakan mahasiswa saat itu. Utamanya, potensi mahasiswa islam yang dirasa perlu diorganisir dengan baik, sehingga ia berinisiatif untuk mendirikan organisasi mahasiswa Islam. Ketika mata kuliah Tafsir dengan dosen Husein Yahya di kampus Sekolah Tinggi Islam (STI) Yohyakarta, Lafran Pane meminta izin untuk menggunakan tempat dan jam kuliah untuk mengadakan rapat pendirian organisasi mahasiswa. Husein Yahya mengizinkan bahkan mengikuti jalannya rapat tersebut.